基于GenMAPP的气道变应性疾病基因芯片实验差异基因的功能路径分析
Pathway analysis of the differential expression genes of oligonucleotide microarray of airway allergic diseases using GenMAPP推荐 CAJ下载 PDF下载 不支持迅雷等下载工具，请取消加速工具后下载。
【作者】 薛金梅； 赵长青； 梁爱华；

【Author】 XUE Jinmei1 ZHAO Changqing1 LIANG Aihua2 (1Department of Otolaryngology,the Second Hospital of Shanxi Medical University,Shanxi,030001,China;2Laboratory of Chemical Biology and Molecular Engineering of Ministry of Education,Shanxi University)

【机构】 山西医科大学第二医院耳鼻咽喉头颈外科； 山西大学化学生物学与分子工程教育部重点实验室；

【摘要】 目的:利用生物信息学方法对变应性鼻炎并发哮喘机制进行初步探讨。方法:利用GenMAPP软件对季节性变应性鼻炎(SAR)与SAR并发哮喘患者鼻黏膜组织Affymetrix寡核苷酸芯片表达谱结果进行分析。首先筛查差异表达基因,然后对差异基因做数据库检索,并对其生物路径进行分析。结果:在38 500多个基因中(47 000个转录本中),SAR并发哮喘者,其鼻黏膜发生4倍以上差异表达的基因共有689个,其中有233个基因表达上调,456个基因表达下调。MAPPfindder分析示这些差异表达基因参与了69条生物路径。其中细胞因子与细胞因子受体间作用路径中差异表达基因最多,且在此路径中趋化因子CXCL12及其受体CXCR4在变应性鼻炎并发哮喘患者中较单纯变应性鼻炎患者表达均发生显著上调。结论:变应性鼻炎及其并发哮喘过程中许多生物路径参与此过程,其中CXCL12/CXCR4相互作用构成的反应轴在气道变应性疾病中发挥着重要作用。 更多还原

【Abstract】 Objective:To detected the mechanism of allergic rhinitis associated with asthma with bioinformatics methods.Method:GenMAPP software was used to analyze the expression profile of nasal mucosa of seasonal allergic rhinitis(SAR) and SAR associated with asthma of oligonucleotide microarray(Affymetrix HG-U133-plus2).One the first step,of differentially expressed genes screening were done,then differential gene database retrieval was established,at last pathway analysis was performed.Result:689 genes ... 更多还原

【关键词】 鼻炎,变应性； 气道变应性疾病； 寡核苷酸芯片； 生物信息学； 趋化因子；
【Key words】 rhinitis,allergic； allergic airway diseases； oligonucleotide microarray； bioinformatics； chemokine；

【基金】 山西省国际合作项目(No:2009081041);;国家自然科学基金(No:81070767);;山西省回国留学人员项目(No:2010-56);;山西医科大学博士启动基金(No:20070417),山西医科大学第二医院教学基金(No:20100303)资助

【文献出处】 临床耳鼻咽喉头颈外科杂志, Journal of Clinical Otorhinolaryngology Head and Neck Surgery, 编辑部邮箱 , 2011年08期 【DOI】CNKI:SUN:LCEH.0.2011-08-014 【分类号】R765.21
【参考文献】
[1] 薛金梅; 赵长青; 赵海亮; 梁爱华; 解军;   季节性变应性鼻炎及其合并哮喘患者的差异基因表达谱的研究[J]. 中华耳鼻咽喉头颈外科杂志 2007年09期
[2] 雷耀山; 史定华; 王翼飞;   基因调控网络的生物信息学研究[J]. 自然杂志 2004年01期
【相似文献】
[1] 张亚梅; 张星;   儿童变应性鼻炎的特点及其治疗进展[J]. 临床耳鼻咽喉头颈外科杂志 2010年24期
[2] 蓝翎; 刘炯晖;   赛百盛的“生物信息学”观[J]. 生物工程进展 1999年06期
[3] 刘相东; 宿振国; 周玉明; 杨平玲; 刘春;   趋化因子研究进展[J]. 滨州医学院学报 1999年05期
[4]   “医学生物信息学专题杂志”专栏[J]. 现代临床医学生物工程学杂志 2004年04期
[5] 房静; 田志刚;   人类趋化因子与肿瘤生长、转移[J]. 国外医学.肿瘤学分册 2000年02期
[6] 郝新保;   充分利用网络资源开展生物信息学教育[J]. 中国医学教育技术 2003年05期
[7] 刘庆华; 何礼贤;   趋化因子与肿瘤[J]. 国外医学.内科学分册 2004年08期
[8] 桂重阳; 余平;   趋化因子在感染、肿瘤中的作用[J]. 医学临床研究 2005年04期
 [9] 祝先进; 苏东辉;   趋化因子在器官移植中的作用[J]. 国外医学.移植与血液净化分册 2005年02期
[10] 彭涛; 王林;   2004年青年生物信息学家论坛[J]. 国外医学.药学分册 2005年03期

中华医学之家：http://www.xinxi85.com

投稿信箱：zhyxzj85@163.com

联系电话：029--85327298     主编QQ：693891972